莲花峰是当地人的叫法，其实这里的学名叫九莲山。这里就是后来的南少林祖庭所在地，原来这个后来赫赫有名的南少林，是用来看管小皇帝阿离一家人的。因为需要保密，因为需要理由，所以朝廷和少林寺借口建立南少林。从此小皇帝一家人住在后山一个山谷里面，唯一进出的山路上，建立了一座后世闻名的寺院。

南少林位于福建省莆田市荔城区清源山下林山村境内，南少林寺建于南朝初年，是南少林武术文化的发源地。莆田南少林寺不仅是佛教中禅宗的代表性寺院之一，也是中国武术南拳的发源地之一。其建于南朝永定年间(公元577年)，相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵“，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，莆田市荔城区九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大(占地约三万平方米)，武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。直至1986年，考古学家挖掘发现南少林寺遗址(泉州南少林寺遗址)。1989年，在政府的大力扶持下开始重建。

1992年4月25日，莆田市人民政府在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址。中国佛教协会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，确定并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下“的亲笔题词。原全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初老亲笔题写“南少林寺“匾额，支持南少林寺的开发建设。1998年12月8日，南少林寺重建工程竣工，正式向海内外开放。

唐太宗贞观年间，嵩山少林寺僧南下，不远千里来到九莲山，住锡在林泉院。此后，林泉院易名林山少林寺。北宋时，寺庙更加兴旺，僧人500多名，武风极盛，形成南少林拳。与北少林的腿功一起誉称“北腿南拳“。南宋时，寺院仍保留兴旺趋势。刘克庄也盛赞“邑之嵩山少林“。此后，几经兴废，几易其各，而为名寺。林泉院毁于清初。现在南少林寺遗址一带仅存一些附属寺院，如资福寺、红花亭等。

1990年4月13日，河南嵩山少林寺方丈德禅大师写下手书:“南少林寺就在福建莆田九莲山下“。中国佛教会会长赵朴初先生题写“南少林寺“寺名。1992年4月25日，经福建省人民政府批准，莆田市和莆田县人民政府在北京人民大会堂举行了南少林遗址论征暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会。1998年，南少林寺重建落成。2006年12月，南少林寺正式接纳广化寺方丈管理，成为两寺院共同统一体制。

福建莆田南少林寺是历史上的武林圣地，曾因“南拳北腿“与河南嵩山少林寺遥相呼应，世称“南北少林“，是我国佛教禅宗文化遗产和少林南拳的发源地。