沼田光长、细川隆是、武田辉信等人迅速跑到大手门附近的箭橹上一看，发现御所周边的大街小巷内都点着松明火把。包围着二条御所军势的旗指物皆为拔钉纹。不过，为了确定攻击的二条御所的敌方总大将，沼田光长、细川隆是、武田辉信等人还是向下吼道：“究竟是何人谋反？！为首大将速速报上名来！”

“吾乃三好左京大夫家臣，今日特来此地请求申诉。”岩成友通随即大声回答道。

沼田光长、细川隆是、武田辉信等人急忙奔下箭橹前去向足利义辉汇报。同时，岩城友通也指挥着一千余三好军向二条御所的大手门发起了猛攻。

由于二条御所内守军稀少，奉公众武士们只能眼睁睁的看着二条御所的四方城门被攻城锤猛烈的撞开，奉公众武士们被打的节节败退。

“请求申诉？派遣一名使者携带一纸诉状就可以做到，需要出动一万五千军势把二条御所团团围住吗？这样的事情余可真的是头一次听说呢！”足利义辉听完沼田光长、细川隆是、武田辉信等人的汇报后冷笑道。随后，他便在小姓和近臣的帮助下迅速穿戴铠甲准备迎战。

足利义辉在换上足利家祖传的大铠和戴上配有五枚金缀的头盔之后，将收藏的上百柄太刀中的三十余柄太刀插在地上宝刀插在走廊，与来袭的三好军对战，砍钝一把就换另一把，一直到用完最后一把刀为止，没有一人能够近得了他的身。

虽然足利义辉身旁有上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等擅长剑术的武士护卫着，但是奉公众依旧扭转不了局势。进士藤延、荒川晴宣、荒川辉宗、彦部晴直、彦部辉信、杉原晴盛、小笠原稙盛、沼田光长、细川隆是、武田辉信、摄津糸千代丸、一色淡路守、治部藤通、治部藤阿弥等五十余名奉公众、侧近先后被三好军讨死。

就当足利义辉率残余奉公众暂时击退了岩城友通部后，上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人劝谏他立即向南近江坂本方向突围，抵达坂本之后便能联合六角家、朽木家等大名与三好家抗衡。

然而足利义辉拒绝了上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人的建议，仍然决定在二条御所内坚守。在双方激战多时后，足利义辉力斩百人，折损刀剑数柄，也已渐渐力怯，见三好军仍然如潮水一般涌来，层层密密，杀不尽，斩不绝，在见到二条御所已经被叛军完全包围地如同大海中的一叶孤舟，沉默的足利义辉已经对命运有所觉悟了，心知自己的大限已至，遂率众且战且退避入内室。

足利义辉知道上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人大都来自关东，并不希望他们在这里死于乱军之中，令他们护送自己的御台所（征夷大将军的正室）近卫氏（近卫植家之女）和两名嫡女离开二条御所，还令侧近细川辉经立即前去与三好家诸将交涉。

上泉秀纲、疋田景兼、丸目长惠等人也不再坚持，随即进入大广间内带着惊慌失措的近卫氏和足利义辉的两个女儿缓缓离开了。而三好三人众、松永久通等人也不愿意得罪公卿名门近卫家和时任关白近卫前久，故而只同意御台所近卫氏和足利义辉的两个女儿安然离开二条御所，而足利义辉最宠爱的侧室进士小侍从（进士晴舍之女）却没有那么好的运气了，三好三人众与松永久通等人直接拒绝了已经怀孕的进士小侍从离开二条御所。不过，足利义辉的另一位侧室则是在三好军还未完全将二条御所包围的时候悄悄的离开了。

足利义辉为了不让足利将军家（堀越公方系）就此断绝血脉，立即令近臣小早川外记、吉川斋宫等人护卫已经怀胎八月的侧室乌丸氏（出自藤原北家日野流）暂时前去与将军家暗中经常联系的讃岐国横井城城主尾池光永处藏匿。

“源氏千载梦幻碎，净火焚尽世间恶。五月细雨露如泪，愿寄我名登云霄。”足利义辉在仅剩的二十余名奉公众武士们的掩护下于大广间内写下了辞世诗（又称辞世句）。从镰仓时代开始，一直到明治维新过后，身为征夷大将军而亲自上阵挥剑杀敌的，恐怕就只有足利义辉一人了。

不久，二条御所的本丸各地都燃起了大火，火势渐渐逼近了大广间，足利义辉在大广间内继续奋战着。这时，足利义辉被三好军用长枪绊倒在地，随后蜂拥而来的三好军便将大广间的多扇纸门拆下并且压在了足利义辉的身上，使他动弹不得。之后，无数杆长枪刺入了足利义辉的身躯，不久后强情公方足利义辉咽了气。

足利义辉的生母庆寿院（近卫尚通之女、第十二代室町幕府将军足利义晴的正室）也在熊熊大火之中结束了自己的生命。而足利义辉最宠爱的侧室进士小侍从则在本丸庭院里的假山后被三好军找到并且杀害了。

就在足利义辉、庆寿院、进士小侍从等人死后，三好三人众与松永久通等人还是觉得不放心，认为足利义辉还有两位亲兄弟尚在人世，不可不剪除。这两人按照幕府将军家的惯例，都出家为僧了，一名法号为周暠，在京都鹿苑寺出家，一位法号为觉庆，在奈良兴福寺一乘院为僧。