此消彼长，妖族虽然强悍，在一开始占据优势，可到了后来，巫族以数量推翻了妖族的实力，终于战胜了妖族，大多强大的妖族都被杀死，只有少数躲藏了起来，当时的地球上成为了巫族统治下的世界。

当然，十二祖巫虽然是强大的克隆战士，但他们毕竟不可能长生不老，我们知道再强大的身躯也会逐渐老去，在千万年的战斗中，十二祖巫各自活了千年，最终老死，不过他们也留下了各自的直系血亲，由于这十二祖巫是通过盘古飞舟中的克隆原液制造产生，他们的直系血亲居然都能完美继承他们的能力，十二祖巫的实力在巫族中是超然的，所以这些祖巫的直系血亲也成为了各自巫族的族长，统领自己的族人，以及那些利用祖巫的基因克隆出来的巫战士。

女娲智能系统，它的程序中也只有殖民需要的各类程序，失去了原本的操控者，它只会依照自己制定的程序行事，它没有考虑到智能生物的感情问题，当巫族战胜了妖族后，女娲便开始了下一步殖民建设。

它按照外星殖民种族原本的殖民惯例，以盘古飞舟为核心，建立了一个所谓的天庭神界，其实就是为外星殖民种族的到来事先准备的殖民城市，悬浮在半空中的殖民城市，是外星殖民种族以前惯用的欺骗殖民地普通种族的手段，为此它需要大量的材料来建设空中的城市。

于是巫族便成为了女娲智能系统眼中殖民星球的被殖民奴隶，它开始按照殖民管理手段来治理巫族，也就是通过大奴隶管小奴隶的办法，在女娲智能系统眼中，那些巫战士就是大奴隶，普通的巫族族人就是小奴隶，一切都是它制造出来。

它把巫族分散到地球各地，要求他们为天庭神界供奉各自各样的材料，最初的时候，巫族和十二祖巫的直系传人确实敬畏女娲智能系统所在的盘古飞舟，也就是巫族族人所认为的巫祖神殿，而从不现身，只能听到一种机械般声音的女娲，也被他们尊称为创世女神。

可建立殖民城市需要无数多的高等材料，比如玉石、金、银等特殊矿石，随着时间的进程，女娲智能系统对巫族的要求也越来越多，这样又经过了数万年的时间。

这时候，巫族中也出现等级分化，私有制度，十二祖巫的直系血亲传人，自然是各自部族中的最高统治者，相当于神一般的地位，在祖巫之间也出现了利益纠纷，这些祖巫下面的分支部落之间也产生了利益纷争，甚至已经开始有了血拼战斗。

然而女娲作为宇宙飞舟的智能操控系统，并不知道如何管理一个殖民星球，它的程序中没有这方面的数据，它只是要求这些殖民奴隶不断的供奉，而不理睬他们的死活。

于是巫族对巫祖神殿的态度开始转变，对女神女娲没有止境的索求不满了，巫族开始反抗，这一代十二祖巫中的共工和祝融一起故意在巫祖神殿所在的不周山，当时地球上最高的山脉边战斗，两人的战斗甚至都撞断了不周山，以查看巫祖神殿的反应。

然而女娲对这一切完全不在意，它只关注巫族供奉的材料，按照殖民管理手册，殖民者应当如同神嗣般不轻易插手被殖民种族之间的战争，殖民者是殖民星球超然的存在，除非殖民种族中发生了影响殖民统治的事件，所以哪怕是不周山被撞断，女娲智能系统也毫不关心。

这一下，十二巫族感觉到巫祖神殿丝毫没有值得尊敬的所在，巫族停止了对巫祖神殿的供奉，这是女娲智能系统第一次遭遇她所制造的种族背叛。

女娲智能系统发现它的殖民奴隶似乎不在理睬它这个殖民统治者，它决定要惩罚这些奴隶，于是她又开始制造巫战士，准备按照殖民手册的规定，对不服从管理的奴隶，进行教训，换一批管理奴隶的大奴隶。

可是，巫族非常清楚巫祖神殿制造巫战士的厉害，也知道巫祖神殿制造巫战士的时间间隙，在抵御了第一波女娲派出的巫战士的攻击后，经过十二祖巫的碰头会议，巫族集中了大量的战士，反攻了巫祖神殿所在的天庭神界。

这一战，女娲智能系统被自己制造出来的巫族打败，连盘古飞舟也被破坏，女娲只能将自己的终端系统躲入了飞舟的逃生舱，逃离了盘古飞舟。