疆域的急速扩大，使得采用新的治理模式迫在眉睫。遥远的距离不仅使决策效率下降，就连军政联席会议也开不成了，这迫使欧阳轩在决策中不得不行使了专断的权力。基于现实情况，欧阳轩决定大规模改组治理模式，将联席会议的权力移交给新成立的军政府。军政府仍然分为政务和军事两大系统，日常事务的负责机构分别为政务院和总参谋部。政务院的总理李爽和总参谋部长曾勇，直接向军政府首领也就是欧阳轩负责。

军政府之下则分为六个省，分别为西川省、北川省、东川省、大理省、云南省、交趾省和流求省。北川省辖区为汉中和利州等川北之地，西川省为成都府路及潼川路一部分，东川省则是以重庆为中心的夔州路等地。大理王国则一分为二，分别成立大理城和善阐城为中心的大理省和云南省。流求省的辖区除了大小流求外，还包括济州岛及霹雳军在琼州岛南部的辖区。交趾国则直接改为交趾省。苗疆虽然与霹雳军关系密切，却是播州杨氏领地，身为女婿的欧阳轩根本不敢染指。

各省的高级政务官员由李爽提名，由欧阳轩任命，低级官员则由各省提命，报政务院任命。军队的高级官员由各师和总参谋部提出建议，由欧阳轩决定；低级军官则由各师提出人选，由总参谋部任命。鉴于当前战事频乃，欧阳轩决定在各省成立都督府，统揽军政权力以形成合力。经多方考虑，他决定由黄大根负责北川省，张珏负责东川省，石中树负责西川省，昝万寿负责大理省，曹轩负责交趾省，余柱仍负责流求省。段实则接替曹轩，负责经营建昌府。

按照霹雳军“北防南进”的战略，欧阳轩决定将军政府总部暂时迁到善阐城。这样做一则可以方便对大理、云南和交趾三省的管理，二则善阐气侯温和，四季如春，比靠近大海但暑热的交趾强上太多。三则可以快速到达出海口，获得战略资源，并加强与流求及星岛、新大陆等海外领地的联系。巴蜀大地和播州目前安全无虞，社会经济也走上了快车道，这使得军政府可以将精力转移到南部三省上来。当然，在欧阳轩的计划中，善阐城作为总部也只是临时之举。军政府的总部终将是在靠近大海，水陆交通方便的人口稠密之地，只不过这将是战胜蒙古人以后的事了。

眼下霹雳军需要的是潜心经营。仅从表象来看，霹雳军的六个省人口已达千万，粮田矿产无数，已经有了与临安和蒙古人分庭抗礼之力，但欧阳轩才知道，这其实是霹雳军最虚弱的时侯。辖区面积虽大，却并不能完全掌控，治下人口虽多，却并未完全归心。虽然凭借着火器与坚城利堡，霹雳军能应对任何入侵，也能应对任何叛乱。但大理和交趾战役，已经耗尽了积攒下来的军火辎重，霹雳军再无力发动大规模战事。

开发大理、云南和交趾三省需要大量的钱财和人力投入。虽然这三省有着丰富的人力和矿产资源，但投入要见到初步成效，少则一年多则三年。在这之前维持霹雳军财政的，只有巴蜀和流求两地，实属小马拉大车。虽然巴蜀的经济发达生产效率也高，但久经战乱劳动力也不足，提供的赋税也有限。流求的贸易虽然利润丰厚，发现新大陆之后，探险船队又源源不断运回金银。但“黄鳝大窟窿大”，在济州岛养马、星岛大规模扩建、建设前往新大陆航线上的补给点，以及在野牛大陆和羊驼大陆上兴建据点，花销也极为惊人。相比上述花销，扩充舰队的金额更是个无底洞。余柱已经得到欧阳轩的同意，将会大规模扩充舰队，以适应海外事业发展的需要。

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