霹雳军在攻打彭山城之时，城中便发生了霍乱。在欧阳轩的命令下，城中居民全被迁到了小山沟进行隔离并进行了对症治疗，又对城内城外进行了彻底的消毒，使得疫病控制在了一定范围，也大大降低了死亡率。在总结此次经验得失的基础上，唐顺便在李爽和鲁德之的大力支持下，大力推动环境整治和个人卫生的宣传，甚至还出台了卫生不达标要被罚做短期苦役的法令，形成了人人讲卫生的氛围。在霹雳军辖区内，蓬头垢面外出或者身上有跳蚤被视为极不体面之事。事实证明这种应对措施对霍乱颇有效果，在霹雳军辖区内虽偶有爆发，但很快便被扑灭。

除此之外，霹雳军还大量养猫。霹雳军粮仓为了防潮主体由木头，其余部分由水泥浆彻，算得上十分牢固，却仍经不过老鼠日复一日的啃咬，养猫能从鼠口中夺回宝贵的粮食。欧阳轩亲自下令养猫是因为老鼠是鼠疫杆菌的宿主，也是移动的专染源。蒙古人活动的草原地带是鼠疫病的高发区，南下的蒙古骑兵也将传染源带到了汉地。更可恶的是蒙军作战也常使用生物战，即将病死者的尸体用投石机抛入敌方的城军，以污染水源和粮食，从而达到不战而胜的目的。事实上，在绵水前线，杨文安部发生瘟疫后，蒙军也曾企图将病死的新附军尸体抛过来，却被霹雳军挫败了。

对付天花病毒，欧阳轩提出的牛痘接种法是最好的预防手段。由于牛痘病毒和天花病毒共有交叉反应抗原，所以可以诱发机体产生自动免疫以预防天花。这项技术是从感染天花的牛身上取出脓汁和痂皮，接种到健康人的身上使之获得免疫力。事实上霹雳军早在去年便研发出了这种技术，余柱带到流求的士兵和技术人员便是第一批接种者。只不过霹雳军牛只缺乏，不仅要用于耕地也用于在矿山和工厂作为动力，实在腾不出多少来牛来用于提取疫苗。牛是重要的战略物资，但购买要比战马容易的多，故经过一年贸易已积累了不少牛只。有了充足的牛只，欧阳轩和唐顺商议之后，便决定在霹雳军境内大规模接种牛痘。

预防医学的另一个重要方面便是消毒剂的研发和生产。虽然欧阳轩是化工专业，但要在当下的生产条件下，大规模生产出含碘、含氯、含醇消毒剂来，也是不现实。一方面是工业生产条件不达标，别一方面也是成本实在太昂贵了，根本无法大面积使用。故欧阳轩和唐顺商议，一方面继续改进消毒剂的生产工艺，待原材料充足时再行生产。另一方面则是采用传统的消毒方式，如用火焚烧、用沸水烫。草木灰浸出液也是很好的消毒剂，当然使用的最多的，还是生石灰及其制成的消毒剂，量足又便宜。