在进攻彭山之前，霹雳军便得知了城中可能发生了瘟疫。就在洪水到达彭山之前，特种旅便派了侦察员潜伏在城边的山上，通过望远镜能将几里外的城中看得清清楚楚。当前霹雳军已能规模生产玻璃，但要磨制出合格的凹凸镜却极耗费时间，所以望远镜生产的并不多，除了营以上指挥员配备以外，只在侦察营和特种营少量装备。就在洪水期间霹雳军侦察员看见城头不断有人病倒，每日都在往河中抛下尸体，便将这异常情况作了特别报告。医学专家唐顺等人根椐病人上吐下泻症状判断，认为此种瘟疫极有可能是《黄帝内经》中所称的“触恶”之疾，即欧阳轩所称的霍乱。

新附军投降之后，霹雳军并没有进城，而是令俘虏和城中百姓自行组织起来，前往二十里外的一个山沟进行隔离。押送的霹雳军士兵只是远远站在他们的两侧和身后，脸上还戴着欧阳轩紧急设计的棉布口罩。当得知彭山城可能有瘟疫的情报后，欧阳轩召集了医学院人员来紧急商议。除了按唐顺的要求准备了中药材外，欧阳轩画了口罩示意图让人紧急缝制。欧阳轩的印象中，此病传播渠道是通过消化道传染，造成死亡的原因主要是失水，如果切断了传播渠道加上正确补水，并不会大规模传播，病人也会很快康复。故他又写出了口服补液盐的配方，用作配合治疗之用。这口服补液盐其实很简单，即100斤开水配上5斤糖和九两盐，这其实就是生理盐水。

前往山沟隔离总共有两千二百人，他们将在隔离期结束后才能离开。在此期间将由霹雳军提供食水，并有医生免费诊病。瘟疫结束之后，百姓将自行决定留在彭山乡村屯垦或前往川西平原定居。彭山城肯定是不能回去了，这个地方战略位置极为重要，霹雳军已经决定将其变成类似横原堡一样的要塞城市，待用生石灰进行全面消杀后即行建设，至于劳动力则是被俘的那一千七百余名新附军。他们将在修建完彭山要塞后，根据所判罚的刑期继续在矿洞中服苦役。

相比服苦役，那些逃走新附军的命运则是悲惨的。刚开始他们是径直往眉州逃去，只是逃一段却发现不对劲——道路两旁的山上有人不紧不慢跟着他们前进，而背后还有骑兵远远的跟着。这些人都是董虎手下的特种旅的士兵，他们叮嘱这些新附军可能有瘟疫，只需将他们用远程火力杀伤即可。

眼见有追兵，这些新附军便调转方向往蒙古骑兵藏身的山坡而去。只不过还没有靠近骑兵营地，便被飞来的箭雨伤了十数人，蒙古人根本不允许他们靠近，怕惹上瘟疫。眼见追兵越来越近，新附军却无路可退，只得哭诉彭山城已失，苦苦哀求蒙古人带他们前往眉州。哪料到这些蒙古骑军得知彭山城丢失极为气恼，又朝他们放了一轮箭，以惩罚他们不肯死命抵抗，旋即便策马往眉州而去。

这些新附军挨了蒙古人两轮箭雨，只剩了七十余人。眼见霹雳军越追越近，只得也踩着泥泞朝眉州方向而去。要说特种旅有三个骑兵连，可以轻易追上并消灭他们，只不过董虎并不打算这样做。一方面是他想将这些人驱往眉州城，借蒙军之手杀掉这些汉奸，让那些走狗看看投降蒙古人的下场。另一方面是他不愿意冒险。那五百蒙古骑兵虽然远去，但保不准他们会在前方设下埋伏，毕竟蒙军最喜欢这种诈败战术。自己的特种旅虽有一千人，但野战中对付那五百骑兵并无把握。唯有按步兵行进两边山脊，骑兵拖后行进中间山道方式，稳步慢行，才能立于不败之地。