需要指出的是，在朝贡体制的运行中，“土木之变”仅仅是明廷由于宦官专权所造成的一个偶然事件，此后明朝和蒙古之间的朝贡关系并未受到影响。蒙古瓦剌部虽然强大一时，但仍要和明廷保持这种朝贡关系，鞑靼部也是如此。

成化初年，毛里孩攻杀孛来，雄视诸部。于成化三年（1467）春“乞通贡”，“明廷许之”。期间的弘治九年秋天，小王子因对明廷之赏赐不满意，因此频繁扰边。弘治十一年（1498）二月，“小王子久不贡，至是遣使臣六千人至边，求入贡，许入关者二千人，入京者五百人”。弘治年间也是明蒙之间朝贡体制运行得比较好的时期，守臣许进在边治理有方，因而“大同士马盛强，边防修整。贡使每至关，率下马脱弓矢入馆，俯首听命，无敢哗者”。这就是自永乐以来宣德、正统、景泰、天顺、成化、弘治数朝明蒙间朝贡关系的大体情况。

正因为明廷最高统治集团比较好地处理了与蒙古族的通贡关系，从皇帝到内阁以至边关督抚，都能正确对待蒙古族的入贡请求，因此朝贡体制也得以正常运行，边境也相对安宁。

自从弘治十七年（1504）之后到嘉靖元年（1522）春天，蒙古和明朝之间的朝贡关系中断了将近19年。时任总制陕西三边军务的兵部尚书唐龙曾建议：“彼夷欲假贡市以缓我之兵，我力既未可与战，不若因其欲而姑与之，亦以缓彼之兵。彼得所欲，引众而退，则实我仓廪，训我士卒，修我战具，徐观其变而图之。”唐龙所说的“不若因其欲而姑与之”其实是建议准许蒙古族入贡。同时为了预防万一，又提出：既要与蒙古族进行通贡互市，加强交流；又不忘加强边防，勤修战备以防敌变。嘉靖见之，大喜。

嘉靖皇帝给唐龙的批示是：“虏情已议征讨，尔为总制大臣，务要激励商人，办好互市，振扬国威，相机战守，以靖边陲。”嘉靖使用经济手段，使北边防线出现了很好的局面。可惜的是，小王子通贡后不久，就率领吉囊、俺答部众出套向东迁徙了。这里的吉囊，名字叫做“衮必里克”，是巴尔斯博罗特的长子，在其父死后继为蒙古右翼三万户济农，驻鄂尔多斯万户。俺答是衮必里克的弟弟，明代又称其为“俺探”、“安滩”、“俺答汗”、“安滩阿不孩”等，是为著名的阿勒坦汗。以后，嘉靖年间蒙古族的通贡，主要是在俺答汗的主持下进行的。直到，明朝的军队足够强大将其消灭为止。

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