从明万历十九年（1591年）正月开始，努尔哈赤挥师东向，攻取鸭绿江路。

万历二十一年（1593年）末，相继征服珠舍里路和讷殷路，将长白山部纳入自己的势力范围。进而，他出兵夺取东海部。由于努尔哈赤于万历十五年（1588年）六月正式颁定国政，自称淑勒贝勒之后，就引起海西女真的不满。

万历二十一年（1593年）九月，正当努尔哈赤率兵东向，征讨长白山各部的时候，海西女真叶赫部首领卜寨联合乌拉、辉发、哈达及蒙古科尔沁等9部向建州发动进攻。双方战于古勒山。努尔哈赤集中兵力，攻其主力，大败9部联军，阵斩卜寨，生擒乌拉部首领布占泰，从而为其统一战争奠定了基础。由于海西势力强大，难以迅速征服，努尔哈赤遂采取远交近攻、分化瓦解，各个击破的策略。在与明廷深示臣服，与朝鲜、蒙古表示友善的同时，重点拉拢势力较强的叶赫、乌拉二部。

万历二十四年（1596年）七月，努尔哈赤送回布占泰，支持布占泰为乌拉首领，又娶其妹为妻。

万历二十五年（1597年）正月，又与叶赫首领布杨古、锦台失联姻，椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达部和辉发部。

万历二十七年（1599年）九月，努尔哈赤以背盟为由，灭掉哈达部，擒杀猛格孛罗。同年，努尔哈赤采用了蒙古文字而为满语配上了字母。

海西女真的削弱，使努尔哈赤得以全力进攻东海部。从万历二十六年（1598年）正月至万历四十三年（1615年）十一月，努尔哈赤连续进兵东海，相继征服渥集部的瑚叶路、那木都鲁、绥芬、宁古塔、尼马察、雅兰、乌尔古宸、木伦、西林等路，攻占渥集部东额赫库伦城。东海库尔喀部亦纷纷归附。

万历二十九年（1601年），努尔哈赤去北京向明朝朝贡。

万历三十一年（1603年），迁都到赫图阿拉。

万历三十五年（1607年）正月，东海女真瓦尔喀部蜚悠城主策穆特黑前来拜见努尔哈赤，述说其部在投奔乌拉后，屡次遭到布占泰的羞辱，希望可以归附建州。于是，努尔哈赤命令舒尔哈齐、长子褚英、次子代善、以及费英东、扈尔汉、扬古利三员大将率三千兵马即刻赶至蜚悠城收服部众。布占泰闻讯后，派其叔博克多率军一万余兵马前往截击。舒尔哈齐因与布占泰之姻亲关系，同部将常书、纳齐布止步于山上，按兵观望。当时大雪纷飞，扈尔汉、扬古利分兵保护投奔之部民后，率二百兵与乌拉军先锋在乌碣岩展开激战。随后褚英、代善各率兵五百从两翼夹击，乌拉军大败，代善阵斩乌拉主将博克多父子，副将常柱父子和胡里布兵败被俘。此役，建州军斩杀乌拉军三千余众，得马匹五千余、甲三千余，获得大胜。乌碣岩之战进一步地削弱了乌拉的实力，而且也打通了建州通往乌苏里江流域以及黑龙江中下游之路，对后来招抚野人女真起到了作用。

不久，褚英、代善等率五千兵再克乌拉之宜罕山城。万历四十年（1612年）九月，布占泰联合蒙古科尔沁部率兵攻打建州所属的虎尔哈路。同年十二月，努尔哈赤率五子莽古尔泰、八子皇太极亲征乌拉，建州兵沿乌拉河南下，连克河西六城后，兵临乌拉城下。努尔哈赤命令建州军攻乌拉城北门，焚其粮，毁其城门。布占泰见势不妙，再度乞和。他乘独木舟至乌拉河中游向努尔哈赤叩首请罪、请求宽恕。努尔哈赤在痛斥布占泰的种种罪状后撤军返回建州。努尔哈赤返回后，布占泰将怒火转移到了其两位妻子，努尔哈赤之女穆库什和努尔哈赤侄女额实泰等身上。布占泰曾以箭射向穆库什，随后又将她们囚禁。